Cinco niños, liderados por Yaku, descubren misterios en Antigua, una colonia de América donde ocurren extraños acontecimientos científicos, sociales y políticos. Gracias a la guía de Lorenzo, un chamán indígena, y de Antonio, un científico ilustrado, enfrentan a Don Fernán, el capitán del Ejército español, y a la bruja Peregrina, quienes a pesar de su empeño, no logran evitar que los niños descifren la intriga y la publiquen a los pobladores.